Skip to main content

Genomic data

  • PLINK
  • SNPTEST
  • BWA-MEM
  • GATK4
  • DeepVariant
  • VarScan
  • Mutect2
  • BreakDancer
  • ANNOVAR

Transkriptome data

  • FastQC
  • Trimmomatic
  • STAR
  • featureCounts
  • edgeR
  • LIMMA
  • DESeq2
  • ToppFun

Microbiome data

  •  FastQC
  • Trimmomatic
  • QIIME2
  • BMTagger
  • Kraken
  • PROKKA
  • MetaWRAP

Exploratory analyses and visualisation

  • R
  • Tidyverse

Medical image analyses

  • oro.dicom
  • oro.nifti
  • spm12r
  • neurobase
  • oro.dti
  • Neuroconductor

Data integration

  • Correlation analyses (Pearson)
  • Co-expression networks (WGCNA)
  • Machine Learning (caret)

Datu analīzei un glabāšanai laboratorijai ir pieeja Rīgas Tehniskās universitātes (RTU) augstas veiktspējas skaitļošanas serveru klāsterim, kas sastāv no 55 mezgliem un 1200 kodoliem, nodrošinot 8 TB kopējās RAM (brīvpiekļuves atmiņas) un 238 TB cietā diska vietas.