IFN-γ saistīto gēnu ekspresijas profili kā prognostiski biomarķieri imūnterapijas efektivitātes prognozēšanai melanomas pacientu audos

Līdz ar imūnmodulējošo antivielu jeb kontrolpunktu (check point) inhibitoru ienākšanu, melonamas ārstēšanas iespējas ir būtiski uzlabojušās. Tomēr to efektivitāte pacientu vidū ievērojami atšķiras, radot nepieciešamību pēc prediktīviem biomarķieriem, lai izvēlētos katram gadījumam piemērotāko terapiju. Izmantojot gan lielapjoma, gan vienšūnu RNS sekvenēšanas (RNAseq) datus no formalīnā fiksētiem un parafīnā ieslēgtiem (FFPE) audiem, pacienti tiks stratificēti atbilstoši IFN-γ gēnu ekspresijas profilam. Šajā pētījumā tiks izmantotas divu veidu pieejas. Pirmkārt, retrospektīva ar IFN-γ saistīto gēnu novērtēšana melanomas FFPE paraugos, korelējot to ekspresiju ar terapijas iznākumu: veiksmīga (responder) vai nē (non responder). Otrkārt, ir plānots izmantot vienšūnu RNAseq, lai izprastu specifisku imūnšūnu nozīmi ar IFN-γ saistītiem gēniem, iegūstot papildus informāciju par šūnu dinamiku audzēja mikrovidē.

Projekta rezultāti

Šis projekts veicinās personalizētu pieeju melanomas pacientu ārstēšanu Latvijā, un nākotnē tā rezultātā izstrādāto diagnostiko tehnoloģiju varēs adaptēt terapijas pielāgošanai arī citu ļaundabīgo audzēju gadījumos. Starptautiskās sadarbības ietvaros šis pētījums sniegs ne vien ieguldījumu audzēju imūnoloģijas jomā, bet arī precīzijas medicīnas pilnveidošanā Rīgas Stradiņa universitātē (RSU).

Projektā paveiktais

Paveiktais līdz 30.06.2026.

1. Ētikas atļauja ir saņemta noteiktajā termiņā, nodrošinot iespēju sākt pacientu audu materiāla ievākšanu un analīzi atbilstoši ētiskajiem aspektiem.
2. Pacientu kohortas izveide ir sākta, un datubāzē jau pašlaik ir iekļauts lielāks pacientu skaits, nekā bija plānots. Ir izveidota visaptveroša datu tabula ar 262 anonimizētiem melanomas pacientiem, kas kopš 2017. gada Latvijā ir saņēmuši imūnterapiju.
3. Zinātniskās literatūras sistematizācija ir pabeigta, izveidojot aptuveni 300 atsauču bibliotēku, kas aptver ar IFN-γ sintēzi saistīto gēnu nozīmi ne tikai melanomas gadījumā, bet arī ar citu lokalizāciju audzējiem, īpaši saistībā ar kontrolpunktu inhibitoru lietošanu. Šis visaptverošais literatūras apkopojums kļūs par pamatu pārskata raksta sagatavošanai nākamo sešu mēnešu laikā, kā arī nodrošinās teorētisko ietvaru pētījuma rezultātu interpretācijai un kontekstualizācijai.
4. Pilotpētījuma sagatavošana ir sākta. Ir identificēts miruša pacienta FFPE primārā audzēja, zemādas metastāzes un limfmezgla materiāls, kas tiks izmantots piloteksperimentā mRNS ekstrakcijas un sekvencēšanas protokola optimizācijai.
5. Pacientu atlase sekvenēšanas analīzei jau ir sākta. Ir identificēti pieci anonimizēti respondenti un nerespondenti, kuru ekscīzijas materiāls tiks izmantots pirmajam “bulk” sekvencēšanas eksperimentam.