ELIXIR mobilizē ekspertus transkriptomikas datu standartu apvienošanai un kvalitātes celšanai Eiropā: RNS datu fokusgrupas izveide

ELIXIR apvieno ekspertus no visas Eiropas, lai uzlabotu RNS datu ievākšanu, anotēšanu un atkārtotu izmantošanu Tā ir iniciatīva, kas iegūst jaunu sparu līdz ar ELIXIR RNS datu fokusa grupas izveidi. RNS, kas agrāk tika uzskatīta galvenokārt par ģenētiskās informācijas pārraidītāju, mūsdienu biomedicīnā ieņem centrālu vietu – no vienas šūnas analīzēm un mikrobioma pētījumiem līdz RNS balstītās terapijas attīstībai. Taču, kamēr RNS sekvenēšanas tehnoloģijas attīstās strauji, datu interpretācijas un salīdzināmības standarti nespēj tām sekot līdzi, apdraudot datu kvalitāti un reproducējamību.

Vizualizācijas: attēls, kas attēlo lielos datus (avots: https://pixabay.com/) un ELIXIR logotips (https://elixir-europe.org/)

Jaunizveidotā RNS datu fokusa grupa, kurā apvienoti speciālisti no vairākiem ELIXIR mezgliem, tiecas aizpildīt šo plaisu. Tās mērķis ir izstrādāt kopīgus etalonus, uzlabot metadatu anotēšanu un veicināt savietojamību plašākā pētnieku kopienā, kas strādā ar transkriptomiku. No sistēmbioloģijas un bioloģiskās daudzveidības līdz vienas šūnas un mikrobioma pētījumiem – RNS dati kļūst par centrālu elementu, un saskaņoti standarti ir vitāli nepieciešami. Grupa jau ir sākusi praktisko darbu, tostarp piedaloties garo RNS sekvenēšanas nolasījumu etalonu izstrādē ELIXIR rīkotajā BioHackathon Europe 2025 Berlīnē.

Grupu koordinēs Ana Victoria Conesa Cegarra (ELIXIR Spānija), Wilfried Haerty (ELIXIR Apvienotā Karaliste) un Ernesto Picardi (ELIXIR Itālija) ar David Lloyd no ELIXIR centrālā mezgla atbalstu. Viņu vienotā pieredze balstās ELIXIR izveidotajā federēto datu infrastruktūrā un FAIR (atrodamības, pieejamības, savietojamības, atkārtotas izmantojamības) principos.

Arī Latvijas pētnieki pašlaik ģenerē vairāk RNS sekvenēšanas datu nekā jebkad agrāk – no fundamentālās bioloģijas līdz klīniskajiem pētījumiem –, taču nepilnīgi standarti apdraud šo datu ilgtermiņa vērtību. Agrīna Latvijas RNS ekspertu iesaiste fokusa grupas darbā ļautu mums aktīvi piedalīties nākamās paaudzes metadatu modeļu, ontoloģiju un standartizētu datu kopu izstrādē, veicinot pētniecības rezultātu starptautisku savietojamību un atpazīstamību.