Atvērtā pirmkoda programmatūra veicina inovācijas dzīvības zinātnēs, secināts ELIXIR ziņojumā
Atvērtā pirmkoda programmatūra ir tāda programmatūra, kuras pirmkods ir brīvi pieejams ikvienam – to drīkst izmantot, pārbaudīt, pielāgot un izplatīt bez ierobežojumiem. Izceļot atvērtā pirmkoda programmatūras nozīmi dzīvības zinātņu inovāciju attīstībā, ELIXIR ir publicējis jaunu ziņojumu, kurā detalizēti aplūkots, kā atvērtā pirmkoda rīki un darbplūsmas (angl. – open source software and workflows, OSSW) veido nozares praksi un veicina pētniecības komercializāciju. Ziņojums tapis sadarbībā ar profesoru Hannesu Roti no Diseldorfas Esenes Universitātes un sniedz visaptverošu ieskatu tajā, kā uzņēmumi integrē atvērtā pirmkoda rīki un darbplūsmas savā darbībā, uzsverot šo rīku nozīmi ne vien kā tehniskiem resursiem, bet arī kā stratēģiskiem virzītājspēkiem zinātnes attīstībā un tirgus inovācijās.
Vizualizācijas: attēls, kas simbolizē kodēšanu (avots: https://www.pexels.com/), ikona (avots: https://www.freepik.com/), ELIXIR logotips (avots: https://elixir-europe.org/), Galaxy projekta logotips (avots: https://galaxyproject.org/) un GitHub logotips (avots: https://github.com/)
Lieli un kompleksi datu apjomi ir mūsdienu dzīvības zinātņu dzinējspēks, kas nodrošina izrāvienus pētniecībā un inovācijā. Lai šos datus pārvērstu reālās pasaules pieletojumos – sākot ar jaunām diagnostikas metodēm un beidzot ar personalizētu terapiju –, nepieciešamas uzticamas analītiskās darbplūsmas un labi uzturēta, profesionālas kvalitātes programmatūra. Padziļināta izpratne par to, kā OSSW tiek izmantotas industrijā, ļauj ne tikai novērtēt to ekonomisko un zinātnisko nozīmi, bet arī pieņemt pārdomātus lēmumus par to, kā visefektīvāk finansēt un koordinēt atvērtās piekļuves rīku attīstību, kas nāk par labu visai pētniecības ekosistēmai.
Ziņojums balstās uz intervijām ar bioinformātikas uzņēmumu pārstāvjiem, kā arī kvantitatīvu datu analīzi no GitHub (https://github.com/) un Galaxy (https://usegalaxy.eu/) platformas. Tā secinājumi uzsver, ka OSSW veicina inovācijas, vienlaikus stiprinot uzticamību, rezultātu atkārtojamību un izmaksu efektivitāti dzīvības zinātņu jomā. Nodrošinot pētniekiem iespēju automatizēt sarežģītus, datu ietilpīgus uzdevumus un koplietot pārbaudītus rīkus, atvērtās darbplūsmas uzlabo arī mašīnmācīšanās metožu atkārtojamību un paplašina piekļuvi modernākajiem resursiem globālajai zinātniskajai sabiedrībai.
Uzņēmumi, kas aktīvi ievieš OSSW un iesaistās plašākā kopienas sadarbībā, bieži ziņo par ieguvumiem tirgus paplašināšanā, talantu piesaistē un produktu kvalitātrs uzlabošanā. Balstoties uz intervijām ar industrijas pārstāvjiem, ziņojumā identificētas trīs izplatītas OSSW ieviešanas stratēģijas:
- Atvērtais pirmkods vispirms – kad atvērtā pirmkoda risinājumi veido uzņēmuma biznesa modeļa pamatu;
- Atvērtā pirmkoda atbalsts – kad atvērtie rīki papildina un stiprina patentēto programmatūru;
- Atvērtā pirmkoda izmantošana – kad rīki tiek izmantoti iekšējām vajadzībām, bet netiek iekļauti komerciālajā piedāvājumā.
Pētījumā tika analizēta Galaxy ekosistēma, lai noskaidrotu tendences darbplūsmu un rīku koplietošanā un novērtētu visbiežāk izmantoto resursu ietekmi. Tas atklāj dinamisku vidi, kurā dominē neliels skaits īpaši populāru rīku, līdzās garai nišas lietojumu ķēdei. Izšķirošs faktors šo rīku ieviešanā izrādījās to ilgtermiņa uzturēšana. Galaxy rīku plašais pielietojums industrijā uzsver platformas galvenās priekšrocības – uzticamību, automatizāciju un spēcīgu datu pārvaldību –, kas padara to neaizvietojamu datu ietilpīgā dzīvības zinātņu pētniecībā.
Ziņojumā arī uzsvērts, ka OSSW risinājumi saskaras ar pieaugošiem izaicinājumiem: daudzi rīki ir nepietiekami finansēti, balstās uz nelielu uzturētāju loku un tiem trūkst stabilas pārvaldības struktūras. Bez koordinētiem un ilgtermiņa ieguldījumiem apdraudēta ir šo būtisko resursu ilgtspēja – līdz ar to arī pētniecība un inovācijas, ko tie nodrošina.
Finansētāji un politikas veidotāji tiek aicināti OSSW uztvert nevis vienkārši kā līdzekli mērķa sasniegšanai, bet kā būtisku digitālās infrastruktūras sastāvdaļu. Atzīstot OSSW sabiedrisko vērtību, nepieciešams atbalstīt to nepārtrauktu uzturēšanu, dokumentēšanu un kopienas attīstību. Šāds atbalsts ir priekšnoteikums zinātnes atkārtojamībai un tehnoloģiskajai suverenitātei Eiropas bioekonomikā.
ELIXIR ieņem nozīmīgu lomu OSSW ekosistēmas atbalstīšanā, koordinējot standartus, veicinot savietojamību un sasaistot publisko un privāto sektoru savos 23 nacionālajos mezglos. Tā darbība palīdz nodrošināt, ka OSSW rīki paliek atvērti, uzticami un saskaņoti ar FAIR (atrodami, pieejami, savietojami, atkārtoti izmantojami) datu principiem.
Analizējot, kā uzņēmumi izmanto, pielāgo un attīsta OSSW, ziņojums uzsver plašāku ekonomisko un zinātnisko vērtību, ko sniedz dzīvotspējīga atvērtā pirmkoda ekosistēma. Tajā tiek izvirzīts pārliecinošs arguments par nepieciešamību ilgtermiņā ieguldīt augstas kvalitātes, uzticamos un kopienas virzītos OSSW pakalpojumos. Padziļināta izpratne par to, kur šie rīki rada ekonomisku ietekmi, ne vien stiprinās pamatojumu ilgtermiņa atbalstam, bet arī palīdzēs veidot nākotnes attīstības stratēģijas.
Ziņojums nepārprotami norāda: atvērtā pirmkoda programmatūra un darbplūsmas (OSSW) vairs nav zinātnes blakusstāsts — tā ir platforma, uz kuras tiks būvētas nākotnes inovācijas.
Kā jau iepriekš ziņots, 2025. gada 1. jūnijā Rīgas Stradiņa universitāte (RSU) sāka projektu Rīgas Stradiņa universitātes dalība Apvārsnis Eiropa programmā (projekta nr. 1.1.1.5/3/25/I/014), kas paredz īstenot vienu no jaunajiem Latvijas Nacionālās partnerības un rīcības plāniem Eiropas Stratēģijas foruma pētniecības infrastruktūru jautājumos (ESFRI) / Eiropas pētniecības infrastruktūras konsorcija (ERIC) ietvaros – Latvijas integrāciju ELIXIR. Viens no šā projekta galvenajiem mērķiem ir nodrošināt Latvijas pilntiesīgu dalību ELIXIR, tādējādi paverot iespējas nacionālajiem pētniecības infrastruktūras veidotājiem līdzdarboties arī skaitļošanas platformas attīstībā un integrēt Latvijas digitālo infrastruktūru Eiropas dzīvības zinātņu datu ekosistēmā.
