Analīzes, pakalpojumi, konsultācijas

Molekulārā bioloģija

• Nukleīnskābju izolēšana no dažādiem audiem
• Vīrusu klātbūtnes, slodzes un aktivācijas noteikšana
• PCR metodes

HHV-6 un HHV-7 diagnostika

• Ģenētiski pārmantota vīrusa noteikšana (HHV-6A, HHV-6B, HHV-7)
• HHV-6 reaktivācijas noteikšana, analizējot vīrusu miRNS audu biopsijās, izmantojot fluorescences in situ hibridizāciju (FISH)

Vienas šūnas RNAseq (paraugu sagatavošana (gan atsevišķi, gan multipleksēti paraugi), bibliotēkas sagatavošana, sekvencēšana (pēc izvēles)

• Vienas šūnas RNAseq
• Vienas šūnas ATACseq
• Vienas šūnas SLAMseq
• Viena kodola RNAseq

Kopējā RNAseq (parauga sagatavošana, bibliotēkas sagatavošana, sekvencēšana (pēc izvēles)

• Lielapjoma SLAMseq

Southern-, Northern Hybridization (radioaktīvās metodes)

• miRNS noteikšana un raksturošana
• mRNS un nekodēta RNS noteikšana un raksturošana
• DNS noteikšana

Plūsmas citometrija / imunoloģija

• Šūnu analīze – skaitīšana, fenotipa noteikšana (membrānas marķieri, iekššūnas marķieri), daudzparametru analīze, šūnas cikla analīze
• Šūnu sortēšana pēc lieluma, fenotipa
• Citokīnu, hemokīnu noteikšana plazmā, serumā, šūnu supernatantā (Luminex200, Varioscan, BD FACS Aria III)
• Biomarķieru analīze onkoloģijā un imunoloģijā, izmantojot plūsmas citometriju un šķidrumu profilēšanu

Šūnu kultūras / analīze

• Mononukleāro šūnu izdalīšana
• Šūnu uzturēšana kultūrā (eikariotu šūnas)
• 3D organoīdu kultūras
• Šūnu kultūras hipoksijas apstākļos
• Šūnu dzīvotspēja / citotoksicitāte
• BH3 profilēšana zāļu atbildes reakcijas novērtēšanai

Mikroskopēšana

• Konfokālais mikroskops
• Platlauka fluorescences mikroskops

Šūnu izolēšana no pacientu bioloģiskajiem paraugiem, kultivēšana, kriokonservēšana

• Šūnu līniju ģenerēšanai
• Ģenētiskā materiāla saglabāšanai un pavairošanai
• Materiāla sagatavošanai vienas šūnas sekvencēšanas pakalpojumiem
• Funkcionāliem in vitro testiem / fenotipa mērījumiem

Šūnu kultivēšana un šūnu līniju izolēšana no pacientu šūnu kultūrām

• Katalogos (ATCC, DSMZ) pieejamo šūnu līniju kultivēšana
• Fibroblastu šūnu līniju izolēšana no ādas biopsijas materiāla
• Vēža šūnu kultūru / līniju ģenerēšana no audzēju biopsijas materiāla:
  • divdimensionālās, tradicionālās adherentās / suspensijas šūnu līnijas
  • histotipisku organoīdu kultūru ģenerēšana

Izolēto šūnu kultūru / līniju identificēšana un raksturošana

• Mikoplazmu noteikšana ar PCR
• Izcelsmes audiem / audzējam raksturīgo marķieru noteikšana (imūnfluorescences mikroskopija)

Funkcionālie un bioloģiskie šūnu testi – šūnu līniju, savienojumu, biomateriālu, nanomateriālu raksturošanai

• Dzīvotspējas / citotoksicitātes testi
• Reaģētspējīgo radikāļu veidošanās (ROS) testi
• Šūnas cikla analīze

Šūnu kultūru izolēšana un šūnu līniju ģenerēšana no pacientu bioloģiskā parauga, kriokonservēšana, raksturošana

Biomedicīnas, pataloģijas pētījumu, vienas šūnas proteomikas, mikroskopijas, telpiskās transkriptomikas un proteomikas attēlu apstrādes un analīzes

• Ar mākslīgo intelektu balstīta attēlu analīze biomedicīnas un patoloģijas pētījumiem
• Vienas šūnas proteomikas attēlu apstrāde
• Mikroskopijas attēlu segmentēšana un kvantitatīva noteikšana
• Telpiskā transkriptomika un proteomikas analīze

Bioinformātika un datu zinātne

• Omics datu integrācija un analīze (proteomika, genomika, transkriptomika)
• Statistiskā modelēšana un mašīnmācīšanās biomedicīnas datiem
• FAIR datu pārvaldība un metadatu standartizācija

Biometriskie un mākslīgā intelekta risinājumi stresa noteikšanai

• MI vadīti stresa noteikšanas rīki (multimodāla biometrija: seja, balss, varavīksnene)
• Diagnostikas rīki ar mākslīgā intelekta palīdzību

Bioattēlu apstrādes, pētījumu metodoloģijas un statistisko analīžu konsultācijas un apmācības

• Bioattēlu apstrādes apmācība (Python, OpenCV, QuPath, Fiji/ImageJ)
• Pētījumu metodoloģijas un statistiskās analīzes apmācība