Molekulārās ģenētikas zinātniskā laboratorija

Zinātniskās darbības apkopojums RSU zinātnes portālā

Laboratorija dibināta 2001. gadā, 2020. gadā akreditēta pēc ISO:15189 standarta kā Medicīnas laboratorija (LATAK-633-2020), un piedāvā veikt dažādus molekulārās diagnostikas izmeklējumus. Molekulārās ģenētikas zinātniskā laboratorija veic pētniecību par slimību ģenētiskajiem cēloņiem un to raksturojumu, īpaši reto slimību jomā, biomarķieru pielietojumiem diagnostikā un slimības gaitas prognozēšanā. Laboratorija nodrošina RSU koplietošanas infrastruktūru DNS izdalīšanai. 

Pētniecības projektu katalogs

Pētniecība

Pētījumi tiek veikti ar LR Centrālās medicīnas ētikas komitejas atļauju.

Pakalpojumi (tehnoloģija)

DNS izdalīšana no dažādiem bioloģiskajiem materiāliem

DNS izdalīšana ar adaptētu fenola / hloroforma metodi, kas nodrošina kvalitatīvu DNS izdalīšanu gan tūlītējai analīzei, gan ilgtermiņa glabāšanai. Izdalot DNS, tiek veikta kvalitātes noteikšana, nosakot koncentrāciju (ng/mkl), gan tīrību (260/280 attiecība), pēc nepieciešamības par papildus samaksu DNS var tikt nomērīts papildus, izmantojot Qubit fluorometru (ThermoFischer Scientific, ASV), vai bioanalizatoru – TapeStation (Agilent Technologies, ASV).

Genomiskajai DNS izdalīšanai no venozajām asinīm ir saņemti ārējās kvalitātes kontroles sertifikāti (IBBL – apstiprina izdalītajai DNS biobankas kvalitāti, RFB-DGKL – apstiprina izdalītās DNS kvalitāti tūlītējai genotipēšanai un GenQA – apstiprina piemērotību garo pavedienu (angļu val. – long read sekvencēšanai).

Mikrobiālai DNS izdalīšanai no siekalām ir saņemts viens ārējās kvalitātes kontroles sertifikāts no IBBL.  

Veicam arī mikrobiālā DNS izdalīšanu no uztriepēm, svabiem, tīrkultūrām (nepieciešams iepriekš sazināties ar laboratoriju).

Sekvencēšana (Sangera, NGS)

Ar Sangera sekvencēšanu piedāvājam veikt viena ģenētiskā varianta, gēna rajona vai gēna sekvencēšanu, gan piedāvājot jēlos datus .ab1 formātā, gan ar šo sekvenču analīzi. Ja nepieciešama molekulārā pārskata sagatavošana ar klīnisko interpretāciju, tad nepieciešams skatīties sadaļā Diagnostiskie pakalpojumi. Sangera sekvencēšana un klīniskā interpretācija ir apstiprināta ar ārējās kvalitātes kontroles shēmām no RFB-DGKL (apliecina, tehnisko izpildījumu, un klīnisko interpretāciju).

Kapilāra elektroforēzi izmantojam arī fragmentu garuma noteikšanai, kas ir lietderīga indelu un mikrosatelītu noteikšanai. Sadaļā Diagnostiskie pakalpojumi, izmantojot šo metodi tiek nodrošināta indelu noteikšana CALR gēnam, kā arī Žilbēra sindromam.   

Nākamās paaudzes sekvencēšana, pašlaik nodrošinām eksoma sekvencēšanu kā ārpakalpojumu, bet veicam ģenētisko variantu klīnisko interpretāciju, ja nepieciešama molekulārā pārskata sagatavošana, tad nepieciešams skatīties sadaļā Diagnostiskie pakalpojumi. Pakalpojumam dažās slimību grupās saņemts ārējās kvalitātes kontroles shēmās, tieši klīniskās interpretācijas sadaļās, tai skaitā molekulārā pārskata sagatavošanā no EMQN, CF Network, GenQA.

Genotipēšana

Laboratorijā ir pieejams dažādas reālā laika PCR iekārtas kā RotorGene 2000 (Qiagen, Vācija), QuantStudio Pro 6 (ThermoFischer Scientific, ASV) uz kurām var izpildīt genotipēšanu ar hidrolīzes zondēm, ģenētisko variantu skrīningu ar HRM, gan noteikt kvantitatīvi ģenētisko variantu daudzumu (somatisko variantu gadījumā). Kā Diagnostiko pakalpojumu piedāvājam DPYD gēna ģenētisko variantu genotipēšanu (saņemts GenQA ārējās kvalitātes kontroles shēmas sertifikāts), izmantojot hidrolīzes zondes, un JAK2 ģenētisko variantu p.V617V (saņemts Instand.de ārējās kvalitātes kontroles shēmas sertifikāts).

Aparatūra

Diagnostiskie pakalpojumi

Analīzes

Analīzes vai metodes nosaukums	Cena bez PVN, EUR	Cena ar DNS izdalīšanu * bez PVN, EUR	Izpildes laiks, darba dienās **
DNS izdalīšana	22,00		15
Iedzimtas trombofīlijas biežāko ģenētisko variantu Leidena un Protrombīna gēnos noteikšana	60,00	82,00	15
Trombofīlijas riska faktoru – divu biežāko variantu noteikšana MTHFR gēnā	60,00	82,00	15
Vilsona slimības molekulārā diagnostika – biežākā izraisošā varianta p.H1069Q noteikšana	60,00	82,00	15
Vilsona slimības molekulārā diagnostika – ATP7B gēna kodējošās daļas analīze	299,00	321,00	80
Cistiskās fibrozes molekulārā diagnostika – biežākā izraisošā varianta dF508 noteikšana	60,00	82,00	15
Cistiskās fibrozes molekulārā diagnostika – CFTR gēna kodējošās daļas analīze	299,00	321,00	15
Cistiskās fibrozes molekulārā diagnostika – CFTR gēna kodējošās daļas, tai skaitā kopiju skaita (plašu inserciju/ delēciju pārbaude) un divu biežāko intronisko variantu noteikšana	400,00	422,00	80
Alfa 1 antitripsīna nepietiekamības molekulārā diagnostika – biežāko izraisošo variantu PIZ un PIS noteikšana	60,00	82,00	15
Mieloproliferatīvo slimību molekulārā diagnostika – p.V617F varianta noteikšana JAK2 gēnā	70,00	92,00	15
Mieloproliferatīvo slimību molekulārā diagnostika – indelu noteikšana CALR gēna 9. eksonā	76,00	98,00	15
TP53 gēna kodējošās daļas pārbaude	299,00	321,00	15
Vīriešu neauglības molekulārā diagnostika – Y hromosomas mikrodelēciju AZFa, AZFb un AZFc rajonu analīze	120,00	142,00	15
Pārmantota pankreatīta molekulārā diagnostika – PRSS1 un SPINK1 gēnu variantu p.R122H, p.N29I, p.A16V noteikšana	160,00	182,00	15
Priekšlaicīga olnīcu izsīkšanas sindroma molekulārā diagnostika – viena no iemesliem – CGG atkārtojumu FMR1 gēnā noteikšana (iespējams noteikt normas un premutācijas variantus)	76,00	98,00	15
Kenedija slimības molekulārā diagnostika – CAG atkārtojumu skaita noteikšana AR gēnā	76,00	98,00	15
Viena ģenētiskā varianta (mutācijas) noteikšana, izmantojot Sangera sekvencēšanu	70,00	92,00	30
Plašu delēciju/ duplikāciju analīze, izmantojot MLPA zondes (CFTR, PMP22 u. c.)	160,00	182,00	15
5'FU toksicitātes noteikšana jeb DPYD gēna genotipēšana	190,00	212,00	15

* Maksa par DNS izdalīšanu tiek pieskaitīta vienu reizi indivīdam nododot asins paraugu. Ja tiek veiktas vairākas ģenētiskās analīzes, tad maksa par DNS izdalīšanu tiek piemērota tikai vienu reizi.

** Norādīts maksimālais izpildes termiņš no paraugu saņemšanas brīža.

Par citām ģenētisko analīžu analīzes iespējām interesēties, rakstot mgzlrsu[pnkts]lv

** Termiņi attiecas tikai uz apmaksātajām analīzēm. Zinātniskās sadarbības ietvaros veiktajām analīzēm izpildes termiņi ir garāki.

Piezīme. Liela apjoma pasūtījumiem iespējams piemērot atlaidi līdz 5 % no pasūtījuma summas.

Par materiāla nodošanu

Rīcība pirms parauga noņemšanas

1. Pieprasījuma veidlapas pilnīga aizpildīšana

RSU Molekulārās ģenētikas zinātniskās laboratorijas nosūtījums jāaizpilda tikai drukātā (papīra) formātā.

Nosūtījuma veidlapā obligāti jāaizpilda šādi lauki:

A) Informācija par pacientu:

• pacienta vārds, uzvārds;
• dzimšanas dati;
• personas kods (vai identifikators);
• dzimums.

B) Informācija par paraugu:

• parauga veids;
• parauga paņemšanas datums un laiks.

C) Informācija par izmeklēšanas veidu un pacientu grupu

D) Informācija par nosūtītāju:

• veicamo analīžu skaitu;
• ārstniecības iestādes kods;
• ārstniecības iestāde;
• ārsta vārds, uzvārds;
• ārsta personas kods vai identifikators;
• specialitātes vai specialitātes kods;
• ārsta tālruņa numurs;
• e-pasta adrese.

E) Piekrišanas forma (iekļauta pieprasījuma veidlapā):

• pacienta izvēlētā piekrišana;
• pacienta vārds, uzvārds un paraksts*;
• e-pasts;
• ārsta vārds, uzvārds un paraksts;
• datums.

* Ja pacients ir jaunāks par 16 gadiem, piekrišanas forma jāparaksta vienam no vecākiem vai aizbildņiem.

F) Informācija par izmeklēšanas mērķi:

• ģimenes locekļu skrīnings pozitīvas ģimenes anamnēzes gadījumā
• diagnozes apstiprināšana

2. Pacienta sagatavošana

Pirms sākotnējā parauga nodošanas pacientam nav nepieciešams ievērot sagatavošanās prasības.

3. Sākotnējā parauga un savākšanas sistēmu raksturošana

• Sākotnējais paraugs – venozās asinis;
• Savākšanas sistēmas:
  • vakutaineri (K2EDTA), tilpums: 3 ml, 6 ml, 10 ml;
  • monovetes (K2EDTA), tilpums: 3 ml, 6 ml, 10 ml;

4. Paraugu ņemšanas laika noteikšana

Venozo asins paraugu ņemšanu atbilstīgā savākšanas sistēmā iespējams veikt jebkurā diennakts laikā, atbilstīgi uzglabājot paraugu līdz transportēšanai uz laboratoriju.

5. Klīniskās informācijas vai citu ietekmējošu apstākļu norādīšana

Atbilstīgi nosūtījumā atzīmētajai saslimšanai nepieciešams norādīt īsu pacienta anamnēzi, klīniskos simptomus un vai ir veikti papildus klīniskie izmeklējumi.

Venozo asiņu parauga ņemšana

Pacienta identificēšana

1. Venozo asiņu parauga noņemšanu veic kompetentā ārstniecības iestādē tam atbilstīgā telpā, nodrošinot pilnvērtīgu pacienta drošību un apstākļus paraugu apstrādei un uzglabāšanai līdz nosūtīšanai uz laboratoriju.
2. Pirms venozo asins paraugu noņemšanas veic pacienta identifikāciju, lūdzot pacientam nosaukt savu vārdu, uzvārdu un dzimšanas datus. Nosaukto informāciju salīdzina ar personu apliecinošu dokumentu un nosūtījumā norādīto informāciju par pacientu.
   Piezīme. Papildu informācijas noskaidrošana par pacienta identitāti nepieciešamības gadījumā ir vēlama.
3. Ja pacienta identitāte ir apstiprināma, tad ārstniecība persona veic atzīmi nosūtījumā par venozo paraugu noņemšanu (noņēmēja identitāte, datums un laiks).

Pirmsizmeklēšanas prasību verifikācija

1. Pirms sākotnējā parauga nodošanas pacientam nav nepieciešams ievērot  sagatavošanās prasības.

Venozo asins paraugu noņemšanas kārtība

1. Sagatavojiet nepieciešamos palīgmateriālus atbilstīgai venozo asiņu ņemšanas procedūrai. Veiciet asins ņemšanas stobriņu marķēšanu pacienta klātbūtnē.
2. Veikt roku higiēnu un uzvilkt vienreizlietojamos cimdus.
3. Nodrošiniet venozo asiņu noņemšanai procedūrai nepieciešamo pacienta pozu (sēdus vai guļus).
4. Pārliecinieties, ka pirms venozo asiņu noņešamas pacienta dūre ir saliekta.
   Piezīme. Pacients nedrīkst veikt pumpējošas kustības ar dūri!
5. Veiciet vēnas punkciju, no kuras tiks veikta venozo asiņu noņemšana.
6. Veiciet punkcijas vietas antiseptisko apstrādi atbilstīgi ārstniecības iestādē pieņemtam “Higiēnas un pretepidēmiskā režīma plānam” vai citai ārstniecības iestādē pieņemtai dokumentācijai.
7. Uzlieciet žņaugu 7,5–10 cm virs punkcijas vietas.
8. Veiciet venozo asins noņemšanas procedūru atbilstīgos asins ņemšanas stobriņos.
   Piezīme. Noņemt adatas uzgali un ar nedominanto roku viegli fiksēt pacienta ādu un vēnu, ar dominanto roku veikt dūrienu. Pacienta dūrei jābūt brīvai. Atlaist žņaugu (nedrīkt turēt ilgāk par 60 sekundēm, ja pacienta stāvoklis nenosaka citādāk).
9. Tiklīdz katrs asins ņemšanas stobriņš ir piepildīts līdz nepieciešamam tilpumam, veiciet 1 pilnu (pa 1800) apvērsienu un novietojiet to vertikāli statīvā. Asins ņemšanas stobriņus nedrīkt kratīt!
10. Pēc venozo asiņu noņemšanas procedūras, izņemiet adatu no vēnas un uzlieciet vates tupferi vai plāksteri. Pacientam vates tupferis vai plāksteris ar vidēju spiedienu ir jātur vismaz 30 sekundes (vidēji 3–5 minūtes). Roku saliekt nedrīkst!
11. Veiciet asins ņemšanas stobriņu pilnvērtīgu apvēršanu* un apstrādi pirms tālākas uzglabāšanas un nosūtīšanas uz laboratoriju.
    Piezīme. Apvēršana jāveic atbilstīgi asins ņemšanas stobriņu ražotāja noteiktajām rekomendācijām.

    Asins ņemšanas stobriņa nosaukums	Apvēršana	Ražotājs
    Vacutainers, K2EDTA	8–10 reizes	Beckton, Dickinson and Company, ASV
    Vacutainers, K2EDTA	6–8 reizes	Vacutest Kima, Itālija
    Vacutainers, K2EDTA	5–10 reizes	Greiner Bio-One, Austrija
    Monovete, K2EDTA	5–10 reizes	Sarstedt AG & Co. KG, Vācija

12. Pārliecinieties, ka pacientam duršanas vietā ir hemostāze.

Venozo asiņu paraugu transportēšana molekulāri bioloģiskai izmeklēšanai

1. Paraugu transportēšanas laika periods.
   Venozo asiņu paraugi jānogādā 7 kalendāro dienu* laikā pēc to paņemšanas.
   Piezīme. Ja parauga transportēšanas laika periods pārsniedz 7 kalendārās dienas, tad laboratorijas personāls novērtē tā atbilstību pieņemšanas kritērijiem, informē pieprasītāju un veic atzīmi testēšanas pārskatā sadaļā “Komentāri”.
2. Paraugu transportēšanas apstākļi
   • Venozo asiņu paraugus novērtē kā potenciāli infekciozu bioloģisko materiālu un ievieto tam atbilstīgi marķētā infekciozā materiāla/biodrošības maisiņā
   • Paraugus novieto vertikāli slēgtā vidē (piemēram, termosomā)
   • Transportē ledusskapja temperatūrā (+2–8ºC temperatūrā) vai istabas temperatūrā (+18–25°C)
   • Paraugus nedrīkst pakļaut tiešo saules staru ietekmei
   • Paraugus nedrīkst pakļaut īpaši paaugstinātas vai pazeminātas temperatūras ietekmei.
3. Paraugu transportēšanas vieta un veidi
   • Paraugi jānogādā RSU Ambulancē Rīgā, Dzirciema iela 16, tās darba laikā;
   • Paraugus ir iespējams nogādāt šādos veidos:
     - personīgi (fiziskas un juridiskas personas);
     - izmantojot RSU Molekulārās ģenētikas zinātniskās laboratorijas kurjeru, iepriekš veicot pieteikumu laboratorijai pa tālruni 67061542 vai e-pastsu mgzlrsu[pnkts]lv; var tikt piemērota atsevišķa samaksa par kurjera pakalpojumu izmantošanu.
     Piezīme. Neatkarīgi no paraugu nogādāšanas veida tam jābūt marķētam ar pacienta vārdu, uzvārdu, personas kodu, datumu un laiku, kad asinis ir noņemtas.

Nosūtījums

Sūdzību vai priekšlikumu par Molekulārās ģenētikas zinātniskās laboratorijas darbību var iesniegt pa e-pastu mgzlrsu[pnkts]lv vai zvanot pa tālruni 67061542. Jūsu sūdzība vai priekšlikums tiks reģistrēts un izskatīts piecu darba dienu laikā saskaņā ar laboratorijas noteikto procedūru.